Педагогічна діяльність Бориса Мокіна розпочалась у Криворізькому гірничорудному інституті на посаді асистента кафедри основ електротехніки у 1967 році. Протягом 1967/68 навчального року він проводив лабораторні роботи та керував курсовим проектуванням у студентів стаціонару і читав лекції на вечірньому факультеті по курсу електричних машин.

Після закінчення аспірантури у 1971 році і переїзду до Вінниці Борис Мокін спочатку рік працював асистентом кафедри радіотехнічних пристроїв Вінницького філіалу Київського політехнічного інституту. Протягом 1971/72 навчального року він читав лекції і проводив лабораторні роботи по курсу радіоавтоматики та по курсу електротехнічних пристроїв радіосистем.

У 1972 році Борис Мокін був обраний за конкурсом на посаду старшого викладача кафедри електричних вимірювань та промислової електроніки Вінницького філіалу Київського політехнічного інституту, а у 1973 році - на посаду доцента цієї кафедри, яка під час реорганізації філіалу у Вінницький політехнічний інститут у 1974 році була перейменована у кафедру автоматики та інформаційно-вимірювальної техніки. На цій кафедрі Борис Мокін читав лекції і проводив лабораторні роботи, практичні заняття та курсове і дипломне проектування по теорії автоматичного керування та по математичних основах кібернетики.

У 1976 році Борис Мокін під тиском завідувача кафедри автоматики та інформаційно-вимірювальної техніки, заступником якого він був, змушений був перейти на посаду доцента кафедри вищої математики, на якій відпрацював до середини 1979 року. На цій кафедрі протягом трьох навчальних років він читав лекції і проводив практичні заняття по курсу вищої математики для студентів факультету автоматики та обчислювальної техніки.

У 1979 році нове керівництво Вінницького політехнічного інституту звернуло увагу на те, що доцент кафедри вищої математики Борис Мокін є фахівцем з електротехніки та автоматики і кібернетики, а тому запропонувало йому очолити кафедру електричних систем і мереж. На посаді завідувача цією кафедрою Борис Мокін відпрацював до переходу у 1985 році на посаду проректора з навчально-методичної роботи.

Працюючи завідувачем кафедри електричних систем і мереж, Борис Мокін читав лекції і вів практичні заняття та курсове і дипломне проектування по основній дисципліні кафедри - електричні системи та мережі, а також по математичних задачах електроенергетики та по спеціальних питаннях енергосистем, по яких він написав навчальний посібник.

Під час роботи у Києві на посаді директора навчально-методичного кабінету з вищої освіти Мінвузу УРСР в період з 1987 по 1989 роки Борис Мокін був головним редактором періодичного науково-методичного збірника «Проблеми вищої школи», який видавався Мінвузом УРСР, та головним редактором серії навчальних посібників «Нове в науці і техніці», які за його ініціативою видавались у видавництві «Вища школа» за матеріалами докторських дисертацій, захищених у той період викладачами різних інститутів та університетів УРСР. У цей же період він протягом року на умовах сумісництва працював завідувачем кафедри електропостачання Київського політехнічного інституту та читав лекції студентам цього інституту по математичних задачах електроенергетики та по електричних системах і мережах.

Після переходу на ректорську посаду Борис Мокін відкрив у Вінницькому політехнічному інституті спеціальність «Електромеханічні системи автоматизації та електропривод» і створив однойменну кафедру, якою завідував на громадських засадах до 2004 року. Він поставив два нових курси - по математичних методах ідентифікації електромеханічних процесів та по оптимізації електроприводів, по яких в якості ключового співавтора і редактора написав навчальні посібники. Після захисту учнем Володимиром Грабком докторської дисертації, виконаної під науковим керівництвом Бориса Мокіна, він передав функції завідувача цією кафедрою Володимиру Грабку, а сам створив нову кафедру - моделювання та моніторингу складних систем, якою на громадських засадах керував один рік. Після захисту учнем Віталієм Мокіним докторської дисертації, виконаної під науковим керівництвом Бориса Мокіна, він передав функції завідувача цією кафедрою Віталію Мокіну, а сам залишився на ній професором на умовах погодинного навантаження, керуючи аспірантами.

У 1992 році Борис Мокін став одним із 15 академіків-засновників Національної академії педагогічних наук України, у 2002 році був обраний до складу її Президії, а у 2012 після ротації (у зв’язку з закінченням 10-річного терміну членства у Президії) і по-сьогодні є радником Президії НАПН України на громадських засадах.

Борис Мокін є автором або співавтором 8 навчальних посібників, найбільш відомі з яких - "Математичні методи ідентифікації динамічних систем" (2010 р., з грифом МОНУ; скачати посібник можна тут або тут), "Теорія автоматичного керування. Методологія та практика оптимізації" (2013 р., з грифом МОНУ; скачати посібник можна тут), "Методологія та організація наукових досліджень" (2014 р., електронний навчальний посібник; скачати посібник можна тут або тут), "Математичні методи ідентифікації електромеханічних процесів" (2005 р.; 1-шу частину скачати можна тут або тут; 2-у частину скачати можна тут або тут) та "Оптимізація електроприводів" (2004 р.; скачати посібник можна тут).

На кафедрі ВЕТЕСК викладає такі дисципліни: "Методологія та організація наукових досліджень", "Математичні методи ідентифікації динамічних систем".