Наукову діяльність Борис Мокін розпочав з січня 1967 року (одразу після закінчення електротехнічного факультету Криворізького гірничорудного інституту) на посаді математика-програміста ЕОМ, яка у той період була лише у тих вищих навчальних закладах, що мали електронні обчислювальні машини - у Криворізькому гірничорудному інституті це була ЕОМ «Київ-60», яку передав інституту з балансу на баланс її розробник - Інститут кібернетики АН УРСР.

Продовжив наукову діяльність Борис Мокін, навчаючись в аспірантурі та працюючи в період з 1968 по 1971 роки над кандидатською дисертацією на тему «Розробка коректних статистичних методів ідентифікації технологічних об’єктів», яку успішно захистив у спецраді Київського політехнічного інституту одразу після закінчення аспірантури у Криворізькому гірничорудному інституті та переїзду на роботу до Вінницького філіалу Київського політехнічного інституту. Учене звання доцента він отримав у 1974 році.

Одразу ж після захисту кандидатської дисертації Борис Мокін розпочав працювати над докторською дисертацію на тему «Синтез ергатичних систем управління технологічними об’єктами», яку успішно завершив і захистив у спецраді Київського політехнічного інституту у 1984 році. У 1987 році Борис Мокін отримав учене звання професора.

У період роботи над кандидатською дисертацією Борис Мокін був відповідальним виконавцем по госпдоговірній науковій тематиці, яку виконувала кафедра основ електротехніки Криворізького гірничорудного інституту на замовлення Інституту «Металургавтоматика» та заводу «Криворіжсталь». Отримані ним математичні моделі процесів, що протікали в машині для випалювання залізорудних обкотишів гірничо-збагачувального комбінату та у доменній печі металургійного заводу, в якій із цих обкотишів виплавлявся чавун, були не лише захищені в кандидатській дисертації, але і використані інженерами «Металургавтоматики» і «Криворіжсталі» при автоматизації випалювального та доменного процесів.

У період роботи над докторською дисертацією Борис Мокін був науковим керівником по госпдоговірній науковій тематиці, яку виконувала кафедра електричних систем та мереж Вінницького політехнічного інституту на замовлення виробничо-енергетичного об’єднання «Вінницяенерго» та заводу «Криворіжсталь». Комплекс систем ергатичного та автоматичного керування електроенергетичними об’єктами, розроблений Борисом Мокіним, був успішно впроваджений як на підприємствах електричних мереж ВЕО «Вінницяенерго», так і в електричній мережі заводу «Криворіжсталь».

Паралельно з дослідженнями за відкритою науковою тематикою у період з 1972 по 1980 роки Борис Мокін під впливом курсу «Радіоавтоматика», який йому довелось викладати, працюючи на кафедрі радіотехнічних пристроїв Вінницької філії Київського політехнічного інституту, спочатку з власної ініціативи, а потім за замовленням оборонного науково-дослідного інституту досліджував структури і схеми та синтезував алгоритми і сигнали для радіотехнічних систем протидії керованим ракетам, націленим на знищення радіолокаційних станцій сил протиповітряної оборони, результати яких опубліковані в спеціальних збірках наукових праць під грифом «Цілком таємно», підписка про нерозголошення яких діє і по-сьогодні.

Борис Мокін є одноосібним автором або співавтором більше 70 винаходів та більше 400 наукових праць, опублікованих в наукових виданнях України, Росії, Литви, Естонії, Білорусі, Польщі, Бельгії, Італії, Австрії, Хорватії, Фінляндії. Він є також ключовим співавтором і науковим редактором таких монографій, як:

• «Математичні моделі для прогнозування та управління процесами надходження грошових коштів від платних послуг вищих навчальних закладів» (2015);
• «Моделювання та оптимізація руху багатомасових електричних транспортних засобів поверхнями зі складним рельєфом» (2013);
• «Вступ до теорії слабких множин» (2012);
• «Мікропроцесорні пристрої для технічного діагностування тягових електродвигунів постійного струму в процесі їх нормальної експлуатації» (2011);
• «Педагогічні умови формування якісного контингенту студентів у вищих технічних навчальних закладах» (2010);
• «Математичні моделі в системах управління ефективністю діяльності професорсько-викладацького складу вищих навчальних закладів» (2008);
• «Ідентифікація параметрів моделей та оптимізація режимів системи електропривода трамвая з тяговими електродвигунами постійного струму» (2008);
• «Методи та засоби вимірювального контролю вологості порошкоподібних матеріалів» (2008);
• «Математичні моделі детермінізації процесів в системах електропостачання» (2005);
• «Математичне та комп'ютерне моделювання процесів оптимізації центрування електричних мереж» (2005);
• «Математичні моделі та системи технічної діагностики основних електротехнічних систем міських трамваїв» (2005);
• «Математичні моделі та методи комп’ютерного моделювання процесу екстрагування цукру в похилому дифузійному апараті» (2004);
• «Soft Computіng: идентификация закономерностей нечеткими базами знаний» (2002);
• «Стратегія пошуку оптимального співвідношення лабораторного практикуму та наукових досліджень в навчальному процесі інженерних спеціальностей» (2002);
• «Математичні моделі та програми для оцінювання якості річкових вод» (2000);
• «Моделі та системи технічної діагностики високовольтних вимикачів» (1999);
• «Математичні моделі робастної стійкості та чутливості нелінійних систем» (1999);
• «Математические модели и информационно-измерительные системы для технической диагностики» (1997);
• «Математические модели контроля и управления в энергетике» (1990) - ця монографія опублікована також одночасно у Польщі польською мовою;
• «Автоматические регуляторы в электрических сетях» (1985).

Починаючи з 1994 року, Борис Мокін постійно представляє Україну на Всесвітніх наукових конгресах ІМЕKО, виступаючи на них з науковими доповідями, що опубліковані у працях цих конгресів за місцем їх проведення, наприклад:

The estimation of highvoltage switches disconnection resourse	XIII IMEKO WORLD CONGRESS/From measurement to innovation, 1994, Torino, Italy, Vol.3, pp. 2660-2662
About one method of the artistic images perseption levels measurement	ХIV IMEKO WORDL CONGRESS /New measurements.- challenges and visions, 1997, Tampere, Finland, Vol.V, pp. 18-22
River Water Control of Sewage Disposal Detection	ХVI Word Congress - IMEKO 2000. - Vienna, Austria:.2000, Abteilung Austauschbau uand Messtechnik, Vol.VII, pp. 297-301
Formalization of art products expertise in fuzzy sets	XVI World Congress - IMEKO 2000 - Vienna, Austria:2000, Abteilung Austauschbau uand Messtechnik, Vol.VII, pp. 301-305

Протягом трьох років з 1992 по 1994 роки Борис Мокін на громадських засадах працював першим заступником голови експертної ради з автоматики та систем управління Вищої атестаційної комісії України, причому останній рік цього періоду виконував обов’язки голови експертної ради. Подав у відставку з цієї громадської наукової посади тому, що згідно з новим положенням з 1994 року її не можна було поєднувати з іншою громадською науковою посадою - голови спецради по захисту докторських дисертацій, яку залишати не захотів.

Цією докторською науковою спецрадою зі спеціальностей кібернетичного наукового напрямку при Вінницькому національному технічному університеті, яка була утворена за його поданням ще у 1989 році, Борис Мокін керував до 2010 року, представляючи у ній спочатку наукову спеціальність «Технічна кібернетика і теорія інформація», а потім наукову спеціальність «Математичне моделювання та обчислювальні методи». Зараз Борис Мокін є членом цієї спецради та представляє спеціальність «Математичне моделювання та обчислювальні методи».

Одночасно Борис Мокін є членом іншої наукової спецради при Вінницькому національному технічному університеті - по захисту кандидатських дисертацій в галузі електротехніки, представляючи в ній наукову спеціальність «Електричні станції, системи і мережі та управління ними».

Таку ж наукову спеціальність у період, коли уже був доктором технічних наук, але ще не був ректором Вінницького політехнічного інституту, Борис Мокін представляв у докторській спецраді при Інституті електродинаміки НАНУ.

Станом на березень 2015 року під безпосереднім науковим керівництвом Бориса Мокіна 5 науковців захистили докторські дисертації і 25 - кандидатські дисертації, ще 6 науковцям він своїми порадами і консультаціями допоміг довести їхні докторські дисертації до успішного завершення та захисту, не претендуючи на офіційне визнання науковим керівником.

Членом Академії гірничих наук України по відділенню електрифікації та автоматизації Бориса Мокіна було обрано у 1992 році у Кривому Розі за наукові розробки в галузі створення математичних моделей і систем автоматичного управління об’єктами чорної металургії, що лягли в основу кандидатської та частково докторської дисертації.

Членом Академії інженерних наук України по відділенню енергетики Бориса Мокіна було обрано у 1992 році у Києві за наукові розробки в галузі створення методів синтезу ергатичних систем та систем автоматичного управління енергетичними об’єктами, що лягли в основу докторської дисертації.

Членом Міжнародної академії наук вищої школи по відділенню технічних наук Бориса Мокіна було обрано у 1997 році у Москві за сукупністю отриманих наукових результатів.

Сьогодні наукові інтереси Бориса Мокіна зосереджені переважно на оптимізації систем управління електроприводами транспортних засобів, що рухаються по маршрутах зі складним рельєфом, і на розробці теорії побудови повітряних акумулюючих електростанцій та аналізу і управління процесами в них.

Як член Національної академії педагогічних наук України, одним із 15 академіків-засновників якої він є з 1992 року, Борис Мокін керує дослідженнями в галузі педагогіки вищої школи та інформаційних технологій дистанційного викладання інженерних дисциплін у вищих технічних навчальних закладах.

Борис Мокін є головним редактором таких періодичних наукових видань як «Вісник Вінницького політехнічного інституту» та «Наукові праці Вінницького національного технічного університету». Він входить до складу редколегій таких періодичних наукових видань як «Оптико-електронні інформаційно-енергетичні технології» та «Інформаційні технології і комп’ютерна інженерія». Усі ці видання входять до переліку видань, публікації в яких зараховуються ДАК України при захисті кандидатських та докторських дисертацій.

В останні роки під його науковим керівництвом щороку проводять наукові дослідження і працюють над кандидатськими дисертаціями 3-5 аспірантів та 1-2 пошукачі докторських ступенів.

На громадських засадах Борис Мокін виконує функції наукового керівника 2 науково-дослідних лабораторій - автоматизованих систем управління в енергетиці і на транспорті (НДЛ АСУЕТ) та проблем вищої школи (НДЛ ПВШ).