Оскільки завідувачу кафедри доводиться в процесі своєї діяльності не лише розв’язувати наукові та педагогічні задачі, але і виконувати адміністративні функції, то можна вважати, що початок адміністративної діяльності Бориса Мокіна припадає на 1979 рік, коли його було обрано на посаду завідувача кафедри електричних систем і мереж Вінницького політехнічного інституту.

Його досягнення за 6 років роботи на цій посаді можна охарактеризувати таким показником - коли у 1979 році Борис Мокін прийняв кафедру, із 8-и її викладачів, крім нього, на кафедрі був лише один кандидат наук - попередній завідувач кафедри, який керував кафедрою до цього 5 років; коли ж у 1985 році Борис Мокін передавав кафедру іншому керівнику, у її складі залишався без наукового ступеня кандидата наук лише один викладач, причому він допомагав кожному викладачу завершити і захистити кандидатську дисертацію без претензій на наукове керівництво.

Слід зазначити, що, оскільки Борис Мокін прийшов на посаду завідувача кафедри електричних систем та мереж з посади доцента кафедри вищої математики, то для завоювання авторитету серед колег, підлеглих і замовників випускників, йому довелося в науковому плані повністю переключитись на електроенергетичну тематику, в процесі виконання якої він за 6 років отримав авторських свідоцтв на винаходи стільки ж, скільки їх отримали за цей же період усі інші науково-педагогічні працівники електроенергетичного факультету, до складу якого у ці роки входили крім кафедри електричних систем і мереж ще три кафедри - кафедра електричних станцій, кафедра електропостачання та кафедра енергетики.

Другим щаблем адміністративної кар’єри Бориса Мокіна стала посада проректора з навчально-методичної роботи, яку він обійняв у 1985 році. Повіривши в політику «гласності» і «перебудови», проголошену Генеральним секретарем ЦК КПРС Михайлом Горбачовим, Борис Мокін почав проводити її як в межах Вінницького політехнічного інституту, так і за його межами в масштабах Вінниччини. Буквальне розуміння Борисом Мокіним ідеології «перебудови» і його дії по втіленню в життя цієї ідеології привели до того, що для стабілізації процесів в інституті на звичному рівні керівництво інституту з дозволу керівництва області на початку 1987 року «запропонувало» його, як ініціативного працівника, міністерству на посаду директора навчально-методичного кабінету з вищої освіти, яка стала вакантною. В якості альтернативи Борису Мокіну було запропоновано за власним бажанням піти з посади проректора на кафедру. Тож довелося йти у Мінвуз УРСР «на підвищення».

За два роки і чотири місяці роботи на посаді директора навчально-методичного кабінету Мінвузу УРСР Борис Мокін, вивчивши стан справ та заручившись підтримкою першого заступника міністра Леоніда Каніщенка, провів три скорочення чисельності його працівників - через півроку - з 256 до 128, ще через півроку - зі 128 до 64, а ще через рік - з 64 до 27. Причому з кожним скороченням ефективність роботи підрозділу суттєво підвищувалась, що було переконливим аргументом для начальства під час отримання дозволу на чергове скорочення. За анонімним анкетним опитуванням ректорів у 1989 році, проведеним управлінням керівних кадрів, навчально-методичний кабінет з вищої освіти отримав 65% позитивних оцінок, у той час, коли другий результат, отриманий управлінням керівних кадрів, склав лише 55%, а усі інші підрозділи міністерства отримали оцінки, менші 50%. Слід зазначити, що проводити скорочення Борису Мокіну з позицій законодавства про працю було нескладно, оскільки більшість працівників очолюваного ним підрозділу були відставними полковниками, які прийшли сюди після виходу на пенсію з посад викладачів військових училищ. Але невдоволених, звичайно ж, було досить, тож у міністерстві зітхнули з полегшенням, коли Борис Мокін дав згоду на те, щоб взяти участь у виборах ректора Вінницького політехнічного інституту і повернутись назад до Вінниці.

Приступивши у липні 1989 року офіційно до виконання обов’язків ректора Вінницького політехнічного інституту, Борис Мокін з перших же днів почав втілювати у життя задекларовану ним на виборах програму. І почав він з того, що за рахунок структурної реорганізації факультетів і зміни обов’язків проректорів, відправив у відставку усіх деканів та половину проректорів. За рахунок цього вдалося зломити спротив «старої гвардії» і надати процесам розвитку інституту позитивної динаміки.

Відкриття спочатку двох, а згодом і ще трьох спеціалізованих наукових рад по захисту кандидатських і докторських дисертацій по 12 наукових спеціальностях створило можливість для суттєвого омолодження колективу і наповнення його науково-педагогічними кадрами вищої кваліфікації. Тож інститут цілком заслужено у 1994 році був реорганізований у Вінницький державний технічний університет, а у 2003 році отримав статус національного.

І це незважаючи на те, що ще не так давно - у 1960 році у Вінниці був створений лише загальнотехнічний факультет Київського інституту інженерів харчової промисловості, який через рік став складовою частиною Київського політехнічного інституту (КПІ) і на базі якого ще через рік був створений Вінницький філіал КПІ.

Рішенням Вінницької обласної ради народних депутатів для розбудови у Вінниці вищого навчального закладу політехнічного профілю на околиці міста було виділено 25 гектарів землі, на яких уже в 1967 році було зведено два перших навчальних корпуси, перший студентський гуртожиток та декілька господарських приміщень.

Сьогодні на цій території розкинулись 12 корпусів, шість із яких об'єднані переходами в єдиний комплекс, стадіон з рекортановим покриттям бігових доріжок, підземний легкоатлетичний манеж, 12 відкритих спортивних майданчиків для ігрових видів спорту, 7 гуртожитків, санаторій-профілакторій для оздоровлення студентів і їдальня, яка забезпечує смачними стравами щодня студентів та співробітників університету.

Нині Вінницький національний технічний університет (ВНТУ) є вищим навчальним закладом, відомим не лише в Україні, а і далеко за її межами, оскільки уже більше 20 років готує фахівців для майже 70 країн Європи, Азії, Африки та Південної Америки.

Першим керівником ВНЗ з 1961 по 1976 роки був заслужений працівник народної освіти України, кандидат економічних наук, професор Роман Кігель, а другим з 1976 по 1989 роки - заслужений діяч науки і техніки УРСР, доктор технічних наук, професор Іван Кузьмін.

Роман Кігель заснував ВНЗ, домігся створення на його базі політехнічного інституту, відкрив перших одинадцять спеціальностей і створив першу третину матеріальної бази.

Іван Кузьмін вивів Вінницький політехнічний інститут в число провідних вищих навчальних закладів України, відкрив ще 5 спеціальностей і створив другу третину матеріальної бази.

Борис Мокін перетворив політехнічний інститут на технічний університет, домігся статусу національного, інтегрував вуз в систему Європейської і світової вищої освіти, відкрив ще шістнадцять спеціальностей, постійно оновлює стару і створює нову матеріальну базу.

За час ректорства Борис Мокін побудував три нові житлові будинки та реконструював у сімейний самий старий із гуртожитків, в яких сумарно 205 сімей працівників університету отримали нові квартири. А з врахуванням тих сімей, які переїхали з менших квартир у більші, Борис Мокін забезпечив поліпшення житлових умов 250 сім’ям.

ВНТУ  за час ректорства Бориса Мокін: найбільший технічний навчальний заклад в Подільському економічному регіоні, що охоплює три адміністративні області, єдиний представник від України в ІFІA - Міжнародній організації винахідницьких організацій з центром в Женеві. Університет, один із небагатьох вузів України, що прийняті до Міжнародної асоціації університетів, який є не лише центром освіти і науки, але і центром культури в регіоні, який навчає студентів за власними оригінальними навчальними планами і виховує за власною оригінальною концепцією виховання; університет з оригінальною об'єктивною системою прийому на перший курс і ефективною системою підготовки наукових кадрів вищої кваліфікації, що не має аналогів серед ВНЗ України; університет в своїй структурі має Центр гендерних досліджень, створений за ініціативи та безпосереднього фінансування ООН; сучасна поліграфічна база університету здатна оперативно і якісно друкувати навчальні посібники та монографії; колектив університету в усіх своїх ланках працює кваліфіковано, самовіддано і патріотично; в університеті широкі права має профспілкова організація та органи студентського самоврядування, діяльність яких служить каталізатором демократичних процесів в колективі.

З 2010 року Борис Мокін працює професором кафедри відновлювальної енергетики та транспортних електричних систем і комплексів, є головним редактором таких періодичних наукових видань як «Вісник Вінницького політехнічного інституту» та «Наукові праці Вінницького національного технічного університету», а також на громадських засадах виконує функції наукового керівника двох науково-дослідних лабораторій: автоматизованих систем управління в енергетиці і на транспорті (НДЛ АСУЕТ) та проблем вищої школи (НДЛ ПВШ).